Podstawowym warunkiem umożliwiającym podatnikowi skorzystanie z prawa do obniżenia kwoty należnego VAT o kwotę podatku naliczonego jest związek zakupów z wykonywanymi czynnościami opodatkowanymi. Podatnicy, którzy w ramach swojej działalności realizują sprzedaż mieszaną tj. oprócz prowadzenia działalności opodatkowanej, dokonują również sprzedaży zwolnionej, zobowiązani są do ustalenia i stosowania wskaźnika proporcji celem odliczenia VAT w kwocie, którą można proporcjonalnie przypisać wykonywaniu czynności opodatkowanych tzn. których następstwem jest określenie podatku należnego (powstanie zobowiązania podatkowego).
Co do zasady proporcję ustala się procentowo, w stosunku rocznym, jako udział obrotu z tytułu wykonywania czynności opodatkowanych w obrocie całkowitym, czyli w sumie obrotów uzyskanych z tytułu działalności opodatkowanej oraz zwolnionej. Wskaźnik proporcji zaokrągla się w górę do najbliższej liczby całkowitej. Warto podkreślić, iż do kalkulacji należy zastosować obrót osiągnięty w roku poprzedzającym rok podatkowy, w odniesieniu do którego jest ustalana proporcja.
Dodatkowo, ustawa o VAT przewiduje pewne wyłączenia w zakresie kalkulacji obrotu będącego podstawą do obliczenia współczynnika proporcji m.in. do obrotu nie wlicza się obrotu uzyskanego z dostawy towarów i usług, które są zaliczane przez podatnika do środków trwałych, a także obrotu z tytułu pomocniczych transakcji w zakresie nieruchomości i transakcji finansowych oraz innych wybranych usług o charakterze pomocniczym.
W praktyce, podatnicy realizujący sprzedaż mieszaną zobowiązani są do kalkulacji i stosowania w danym roku podatkowym szacunkowego wskaźnika proporcji wstępnej, który kalkulowany jest na podstawie obrotu osiągniętego w roku poprzedzającym i stanowi jednocześnie wskaźnik finalny za zakończony rok podatkowy, zgodnie z którym należy dokonać korekty VAT za rok poprzedni.
Ustawodawca wprowadził również możliwość pewnego uproszczenia w stosowaniu proporcji. W przypadku gdy proporcja przekroczyła 98% oraz kwota podatku naliczonego niepodlegająca odliczeniu, wynikająca z zastosowania tej proporcji, w skali roku, była mniejsza niż 500 zł podatnik ma prawo uznać, że proporcja ta wynosi 100%. Jednocześnie, podatnik ma prawo uznać, że proporcja wynosi 0%, jeżeli na podstawie kalkulacji wskaźnik proporcji nie przekracza 2%. Warto zaznaczyć, że projekt zmian do ustawy o VAT w ramach tzw. pakietu SLIM VAT 3 przewiduje zwiększenie kwoty pozwalającej na uznanie, że podatnik posiada pełne prawo do odliczenia VAT, gdy proporcja przekroczyła 98%, z obecnych 500 zł do 10 tys. zł. Dodatkowo, pakiet SLIM VAT 3 przewiduje wprowadzenie możliwości rezygnacji z dokonania korekty rocznej, jeżeli różnica pomiędzy proporcją wstępną a ostateczną nie przekracza 2 punktów procentowych oraz w przypadku gdy proporcja ostateczna jest mniejsza niż proporcja wstępna a podatek naliczony niepodlegający odliczeniu wynikający z różnicy między tymi proporcjami nie przekracza 10 tys. zł.
Natomiast w przypadku rozpoczęcia wykonywania działalności zwolnionej przez podatnika, który nie prowadził wcześniej działalności lub realizował wyłącznie sprzedaż opodatkowaną, stosuje się proporcję wstępną uzgodnioną z naczelnikiem urzędu skarbowego, w formie protokołu. Przepis ten stosuje się również, gdy podatnik uzna, że przedmiotowa kwota obrotu byłaby niereprezentatywna.
W tym miejscu warto zaznaczyć, że pakiet SLIM VAT 3 zakłada zastąpienie obecnego obowiązku uzgadniania wartości wskaźnika proporcji VAT z naczelnikiem urzędu skarbowego jednostronnym zawiadomieniem podatnika o przyjętych danych wyliczonych szacunkowo.
Obecne brzmienie przepisów ustawy o VAT nie przewiduje zatem możliwości stosowania wskaźnika proporcji innego niż ten, który został wyliczony na podstawie roku poprzedzającego rok podatkowy lub ustalonego z naczelnikiem urzędu skarbowego w formie protokołu we wskazanym powyżej przypadku.
Pojawia się zatem pytanie, jak należy postąpić w przypadku gdy w trakcie roku podatkowego nastąpiło połączenie spółki wykonującej wyłącznie działalność opodatkowaną (spółka przejmująca) ze spółką, która realizowała sprzedaż mieszaną (spółka przejmowana). Przepisy ustawy o VAT nie wskazują w jaki sposób należy dokonać kalkulacji proporcji dla spółki przejmującej oraz w jakim zakresie go stosować. Wątpliwości dotyczą również sposobu dokonania korekty VAT naliczonego za zakończony rok podatkowy.
Dla spółki przejmującej, która nie prowadziła wcześniej działalności zwolnionej, zasady ustalenia proporcji wstępnej wynikają z powołanej powyżej zasady, co oznacza, że spółka ta będzie zobligowana ustalić z organami podatkowymi w formie protokołu wysokość proporcji wstępnej, która będzie przez nią stosowana do zakończenia roku.
Niestety, nie jest już to tak samo oczywiste w przypadku kalkulacji proporcji ostatecznej. Mając na uwadze to, że spółka przejmująca stała się sukcesorem generalnym spółki przejmowanej tj. wstąpiła we wszelkie prawa i obowiązki spółki, dla potrzeb wyliczenia ostatecznego współczynnika VAT za rok podatkowy, w którym nastąpiło połączenie, właściwym wydaje się zsumowanie obrotów obu podmiotów. Zatem, w celu wyliczenia ostatecznego wskaźnika proporcji, należałoby uwzględnić obroty osiągnięte z czynności opodatkowanych, jak i czynności zwolnionych od podatku VAT, uzyskane przez obie spółki w roku połączenia. Rozwiązanie to jest aprobowane przez organy podatkowe, m.in. w interpretacjach indywidualnych z 17 sierpnia 2017 r., sygn. 0113-KDIPT1-2.4012.331.2017.1.KW, z 11 stycznia 2019 r., sygn. 0112-KDIL1-1.4012.773.2018.2.AK, czy z 6 maja 2020 r., sygn. 0111-KDIB3-2.4012.90.2020.1.SR.
Niemniej, w praktyce można również spotkać się ze stanowiskiem, zgodnie z którym, celem kalkulacji kwoty korekty VAT za rok podatkowy, w którym nastąpiło połączenie spółek, należy obliczyć odrębnie wskaźnik proporcji i kwoty VAT naliczonego do uwzględnienia w korekcie rozliczeń za zakończony rok podatkowy, dla spółki przejmowanej (na podstawie danych do dnia połączenia) oraz spółki przejmującej (za cały rok podatkowy) i ich sumę uwzględnić w pierwszym rozliczeniu następującym po zakończonym roku podatkowym. Stanowisko to znajduje swoje potwierdzenie m.in. w interpretacjach z 7 listopada 2018 r., sygn. 0114-KDIP4.4012.609.2018.1.MP, 3 stycznia 2017 r., sygn. 1462-IPPP1.4512.937.2016.1.AW, 12 września 2017 r., sygn. 0114-KDIP1-1.4012.299.2017.1.DG, które dotyczą stanu faktycznego, gdy obie spółki przed połączeniem prowadziły działalność mieszaną.
Pomimo istniejących rozbieżności, pierwsza z opisanych metod wydaje się jednak bardziej uzasadniona, tym bardziej, że druga z nich nie pozwala na jednoznaczne określenie ostatecznego wskaźnika proporcji dla podmiotu połączonego do zastosowania w korekcie VAT za zakończony rok podatkowy, który jednocześnie powinien pełnić funkcję szacunku proporcji do zastosowania w kolejnym roku.
