29 kwietnia 2025 r. na stronie Rządowego Centrum Legislacji Ministerstwo Finansów opublikowało projekt ustawy o zmianie ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej (dalej: „ustawa o KAS”) oraz ustawy o podatku od towarów i usług (dalej: „ustawa o VAT”), którego celem jest modyfikacja zasad składania przez podatników korekt deklaracji podatkowych, związanych z kontrolą celno-skarbową. Projekt zakłada, że proponowane przez MF zmiany mają wejść w życie z dniem 1 stycznia 2026 r.
Złożenie deklaracji w trakcie i po zakończeniu kontroli celno-skarbowej – nowelizacja przepisów
Obecnie obowiązujące przepisy pozwalają podatnikowi na skorygowanie uprzednio złożonej deklaracji podatkowej w ciągu 14 dni od doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej. Po nowelizacji, podatnik będzie mógł w takiej sytuacji nie tylko skorygować uprzednio złożoną deklarację, ale także będzie miał możliwość złożenia zaległej pierwotnej deklaracji, jeśli takiej dotychczas nie złożył. Obecnie możliwość złożenia deklaracji pierwotnej, po doręczeniu podatnikowi upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej, nie jest wprost wskazana w przepisach, co budzi wątpliwości interpretacyjne w zakresie nieuznawania deklaracji pierwotnych na etapie kontroli celno-skarbowej. Efektem proponowanych zmian w tym zakresie będzie możliwość zakończenia przez organ kontroli celno-skarbowej, jeśli organ ten uwzględni złożoną przez podatnika w terminie pierwotną, zaległą deklarację – a więc zmianę tę należy ocenić bardzo pozytywnie.
Przepisy wciąż nie będą dawały możliwości złożenia prawnie skutecznej korekty deklaracji (czy pierwotnej deklaracji) po upływie 14 dni od doręczenia upoważnienia, w trakcie trwania kontroli celno-skarbowej, w zakresie objętym kontrolą.
Co więcej, nowelizacja przewiduje, że podatnik będzie mógł złożyć pierwotną deklarację podatkową (a nie tylko jej korektę, na co pozwalają obecne przepisy) także po zakończeniu kontroli celno-skarbowej, jeśli nie zrobił tego wcześniej. Zmieniony art. 82 ust. 3 ustawy o KAS pozwoli na złożenie deklaracji w ciągu 14 dni od doręczenia wyników kontroli. W praktyce będzie to miało zastosowanie do sytuacji, w których z wyniku kontroli wynikać będzie, że podatnik powinien rozliczyć podatek i złożyć deklarację podatkową, a dotychczas tego nie zrobił (bo przykładowo uznał, że zrealizowana przez niego sprzedaż nie była opodatkowana podatkiem VAT, a organ kontrolujący doszedł do innych wniosków podczas kontroli celno-skarbowej).
Skutkiem proponowanych zmian w zakresie prawa do złożenia deklaracji pierwotnej, będzie możliwość uiszczenia zobowiązania podatkowego wynikającego z tej deklaracji, co zapobiegnie dalszemu naliczaniu odsetek za zwłokę od zapłaconej kwoty podatku.
Uściślone zostaną także kwestie dotyczące obniżonej stawki sankcji VAT. Proponowane zmiany umożliwią bowiem zastosowania obniżonej 15% stawki sankcyjnej przy ustalaniu dodatkowego zobowiązania podatkowego, w sytuacji złożenia przez podatnika deklaracji pierwotnej w ciągu 14 dni od wszczęcia kontroli celno-skarbowej, Obecnie taka stawka jest przewidziana tylko dla korekty deklaracji, złożonej po wszczęciu kontroli.
Możliwość złożenia częściowej korekty
Projekt zakłada, że możliwe będzie także złożenie korekty deklaracji częściowo uwzględniającej nieprawidłowości stwierdzone przez naczelnika urzędu celno-skarbowego, zawarte w wyniku kontroli celno-skarbowej.
Obecne przepisy nie pozwalają na złożenie częściowej korekty deklaracji, uwzględniającej tylko część nieprawidłowości zidentyfikowanych w toku kontroli celno-skarbowej, jeżeli przedmiotem jest konkretne zobowiązanie podatkowe. Jeżeli podatnik zgadza się ze stwierdzonymi nieprawidłowościami tylko w części, korekta deklaracji złożona przez niego w tym zakresie nie zostanie uwzględniona przez organ podatkowy. W rezultacie kontrola celno-skarbowa przekształci się w postępowanie podatkowe, obejmujące całe zobowiązanie podatkowe będące przedmiotem kontroli.
Celem proponowanych zmian jest ograniczenie zakresu sporu między podatnikiem a organem podatkowym. W praktyce oznacza to, że w przypadku dalszego prowadzenia postępowania, organ będzie mógł uwzględnić częściową korektę deklaracji.
