Naczelny Sąd Administracyjny potwierdził, że do kosztów kwalifikowanych działalności badawczo-rozwojowej można zaliczać również wydatki na wynagrodzenie za czas urlopu i zwolnienia chorobowego (wyrok z 1 września 2022 r., sygn. akt II FSK 3033/19).
Przypomnijmy, że ulga na badania i rozwój (czyli ulga B+R) wprowadzona została do polskiego systemu prawnego 1 stycznia 2016 roku (zastąpiła starszą ulgę na nabycie nowych technologii). Umożliwia odliczenie od podstawy opodatkowania części kosztów działalności badawczo-rozwojowej. Jej atrakcyjność polega na tym, że pozwala ona na ponowne odliczenie części wydatków, które wcześniej podatnik zaliczył już do kosztów uzyskania przychodów (kosztów podatkowych), czyli niejako podwojenie (a w przypadku kosztów pracy nawet potrojenie) kosztów i obniżenie w ten sposób płaconego podatku.
Warunkiem skorzystania z odliczenia jest prowadzenie działalności badawczo-rozwojowej oraz ponoszenie tzw. kosztów kwalifikowanych, które muszą być wyodrębnione w prowadzonej przez podatnika ewidencji.
Od momentu wprowadzenia ulgi najwięcej kontrowersji budziło to, które wydatki mogą być zaliczone do kosztów kwalifikowanych, czego potwierdzeniem są liczne interpretacje indywidualne wydawane regularnie przez Dyrektora Krajowej Administracji Skarbowej (KAS). Sprawa, która trafiła do sądu jest pokłosiem jednej z takich interpretacji, w której organ podatkowy nie zgodził się ze stanowiskiem podatnika, co ten zaskarżył – zgodnie z przysługującym mu prawem – do sądu administracyjnego.
Sprawa dotyczyła spółki, która w związku z prowadzeniem działalności B+R ponosi koszty zatrudnienia pracowników oraz osób zaangażowanych na podstawie umów cywilnoprawnych. Spółka prowadziła odpowiednią, czyli wyodrębnioną ewidencję czasu pracy poświęcanego przez takie osoby na działalność badawczo-rozwojową. Poza wynagrodzeniem za rzeczywisty czas pracy, wypłacała jednak także wynagrodzenia za czas choroby i urlopu. Zdaniem spółki, te ostatnie, podobnie jak samo wynagrodzenie za rzeczywisty czas pracy, można zaliczyć do kosztów kwalifikowanych. Z tym poglądem nie zgodził się jednak Dyrektor KAS. Argumentował, że zarówno w czasie urlopu, jak i choroby pracownicy tacy nie prowadzą działalności badawczo-rozwojowej, a zatem trudno mówić tu o tym, że wydatki te są z nią związane.
Tak interpretacja została uchylona najpierw przez Wojewódzki Sąd Administracyjny, a następnie po jej zaskarżeniu przez przedstawicieli fikusa, Naczelny Sąd Administracyjny, który podzielił stanowisko podatnika. Zdaniem sądów nie ma żadnych podstaw do wyłączenia z kosztów kwalifikowanych wynagrodzenia pracownika za okres urlopu lub choroby, a także każdej innej usprawiedliwionej nieobecności. Do wynagrodzenia za czas takich nieobecności należy zastosować przy tym taki sam współczynnik, jaki stosowany jest dla obliczenia czasu pracy poświęconego na prace badawczo-rozwojowe, w stosunku do całkowitego czasu pracy. Takie samo podejście powinno dotyczyć także wynagrodzenia wypłacanego na podstawie umów cywilnoprawnych.
